杭州市藥品檢驗所（杭州市醫療器械檢驗所、杭州市藥品與醫療器械不良反應監測中心）是杭州市食品藥品監督管理局所屬的專業藥品檢驗機構，藥品與醫療器械不良反應監測機構，是國家食品藥品監督保證體系的重要組成部分，是承擔國家對藥品實施技術監督任務的法定機構，并執行食品藥品監督管理部門交辦的食品藥品醫療器械監督任務。

1960年11月，杭州市衛生醫藥檢驗所成立（市委發文（60）453號），1964年1月更名為杭州市衛生局藥品檢驗所，1982年8月3日改名為杭州市藥品檢驗所。2000年11月，成建制從市衛生局劃到市藥品監督管理局。隨著政府機構改革的不斷深入，轄區五縣二區內的藥品檢驗機構已全部撤消，技術監督任務全部由本所承擔。

2005年5月，市藥檢所增掛“杭州市醫療器械檢驗所”牌子（杭政辦函〔2005〕135號）。2006年9月，市藥檢所增掛“杭州市藥品與醫療器械不良反應監測中心”牌子（杭編〔2006〕138號）。2008年6月，市藥檢所承辦的“杭州市食品藥品安全展示中心”正式對外開放。

杭州市藥品檢驗所隸屬杭州市食品藥品監督管理局，為全額撥款事業單位，該所現編制48人,現在職人員53人，其中在編人員48人，合同制和臨時聘用人員5人，長期在所進修的藥廠人員有4-10余名，在所實習的大專院校的學生常年保持在12名以上。

藥檢所系一套班子三塊牌子組成，分別是：杭州市藥品檢驗所、杭州市醫療器械檢驗所、杭州市藥品與醫療器械不良反應監測中心；市藥檢所還承辦了“杭州市食品藥品安全展示中心”。現內設八個科室，其中有化藥檢驗室（藥品包裝材料檢測室）、中藥檢驗室、食品、化妝品檢驗室（藥物研究室）、醫療器械檢驗室（生物測定室）4個檢驗科室，辦公室、業務科、質量管理科、不良反應監測室4個管理科室。目前藥檢所開展的檢驗有藥品檢驗、食品檢驗、打假和稽查藥品、醫療器械、化妝品、藥品包裝材料的檢測、保健食品檢驗和潔凈室的測試等等。

目前市藥檢所主要職責為：為社會提供藥品、醫療器械、食品、保健食品、化妝品和藥品包裝材料的檢驗及潔凈區環境的檢測；為政府提供藥品、醫療器械、食品、保健食品、化妝品質量公報所需的技術數據和質量分析報告；承擔藥品與醫療器械不良反應報告的收集、核實、分析和整理工作；指導本轄區內藥品、醫療器械、食品生產、經營單位和醫療機構質量檢測部門的業務技術工作，協助解決技術疑難問題，培訓有關的檢驗檢測人員；指導本轄區內藥品、醫療器械生產、經營單位和醫療機構中藥械不良反應監測技術工作。